役部隊很快接替了第一師和第二師，軍事管制剛一結束便宣佈兩省獨立脫離北京管轄，併入人民自治區政府管轄體系。與此同時，第一師從昆明出發，於透過雲南邵通、四川宜賓向四川進攻，而第二師也離開貴陽，經遵義向長江沿岸重要城市之重慶進軍。

丟失掉貧瘠的西南兩省，即便是包括四川在內的三省一起丟掉都不能讓段祺瑞惱火。能讓他大動干戈的就是馮國璋在北京政界裡的咄咄逼人，尤其是得知馮國璋暗示湖北督軍王佔元、江西督軍陳光遠、江蘇督軍李純於發表聯名通電，主張南北雙方罷兵休戰，和平解決南北問題，這樣一件大事都沒讓他這個總理得知，幾乎讓他大動肝火繼而想憤然辭去了總理一職。

1918年1月28日，就當第一師和第二師一部一起正式拿下成都、第二師餘部牢牢控制住重慶的時候，湖南境內的護法軍再次與北洋軍發生大規模交火，這次表現得異常完美的是龍濟光，生力軍的強勢加入足以讓他有那個實力去折騰一番，北洋軍很快就被攆出了湖南敗退湖北。

這一事件很快讓北京方面徹底“妥協”了，段祺瑞承受不住壓力終於辭去了總理一職，而馮國璋做得更過分，段祺瑞剛走便走不遠便任命王士珍為國務總理。當然段祺瑞的出走，標誌著他所引領的內閣再次倒臺，直皖兩系正式公開分裂。

2月3日，馮國璋頒佈南北停戰令，希望雙方坐下來用談判商議來解決問題，而不是大動兵戈。

停戰令頒佈之後很快讓好不容易和諧下來的護法陣營熱鬧了，內部立馬有了很多種不同的反響。無兵無權的孫中山卻意志堅定，始終堅持要繼續護法，而前線掌握實際兵權的護法軍將領卻有不同的看法，軍閥割據時代哪一個帶兵的沒有點私心，其中尤為最甚的還數龍濟光，而且他並沒有停下進攻的腳步。；

停戰令頒佈之後，龍濟光的部隊還在征戰不已，但卻令人吃驚的是他進攻的方向變為了江西的陳遠光部，從長沙直逼武昌。而幾乎與此同時沉寂在廣東東南一帶的陳炯明也不甘寂寞，出兵福建福州。

他們的舉措就跟人民軍一樣，人民軍第一師和第二師各自抽調了一定部隊前去“支援”陝西境內的護法軍，如果不是橫臥路中的秦嶺讓部隊的行軍速度大減，估計南北停戰還未開始的時候他們已經拿下了古都西安。而且第二師拿下了長江重要港口城市重慶之後，自治區派出的輪船可以沿江而上，用龐大的水運運力為他們提供源源不斷的物資補給。

二月二十七日，程潛以湘粵聯軍總司令名義，通令響應馮國璋的停戰令，命護法軍立刻停戰，部隊立刻開始“休整”，很明顯是對掌握住了湖南這麼一個超級糧食產區滿足了。廣東督軍莫榮新本來就不喜歡自己的地盤裡盤踞著數支隊伍，自治區的第五師很快又撤回梧州之後，廣東境內只剩下他的部隊，所以他很快也宣佈相應停戰令。

3月1日，北京方面等到了人民軍和龍濟光、陳炯明的回答，已經掌握住了陝西、四川、雲南、貴州四個省的人民軍可謂是收穫最大的一方，但土地貧瘠不堪根本不受人重視，但自治區接受停戰令的表態也是比較重要的，龍濟光佔了江西、陳炯明佔了福建，各有所得後都表示支援停戰令。

對於北洋軍各系軍閥來說，他們一直在前線打頭陣，死傷都是自家兄弟，損失的都是自己的實力，還被段祺瑞馮國璋兩個人呼來喚去的，早就已經不想再剪自己衣服為他人做嫁衣了。前線以吳佩孚為首的軍閥，很快也通電錶示主和。

這樣的結局只能讓堅定的護法派搖頭嘆氣，一場聲勢浩大的護法戰爭結