表章，特跟隨著錦衣衛押解林德遠的人馬送入了京師。但朱平安不會等待京師的訊息，直接便命令岳錦峰、仇澤、李定國帶領精心挑選的一干手下前去上任，趁熱打鐵，將四衛的局勢穩定下來。接下來便是編連士卒、重組新軍，老弱病殘一律納入輔兵行列。

包括都司衙門也開始大刀闊斧的整飭，蓬萊城防需要加固，尤其是添置火炮，打造火銃，更是要提到議事日程上來。其二便是三個新部門的設立。如今大明朝廷還是天下的正統，朱平安也沒有傻到要改變軍制、衙門內部的結構的地步，那樣純粹是再找麻煩，等於是將口實送到了御史言官的手中。新增設的三個機構只能是先作為臨時部門來設立，但其許可權，不可謂不大。

第一便是督查室。朱平安考慮的很周全，現在還是大明，還用後世的那一套來實現對整個衙門的監督絕對是不適合的。所以，也只能以後世的經驗來逐步適應大明的國情，一步一步來摸索著前進。督查室便是其中最重要的一個部門。

朱平安的手下，雖然目前來說還處於一種相對清廉、純潔的狀態，但畢竟處於整個大明社會中，難保不會受到什麼不良習氣的沾染，這便需要有一個機構來對其進行監督控制，於是督查室應運而生。

督查室不隸屬於任何部門，也只對朱平安一人負責。人員有督查室主任挑選，然後報朱平安批准，然後才可招募進入該部門。朱平安的設想是，未來督查室將作為一個對內的情報部門存在，而監督檢查的職責將交轉移給真正的紀律監察部門，實現權力的相互制衡。但現在還不到時機，只能作為一個雛形來逐步發展。

督查室的第一任主官，朱平安任命了郭追來擔任。從嚴格意義上來說，郭追不屬於朱平安麾下的中都系統人馬，倒是和李定國一樣都屬於新加入的派系，雖然和王承恩有著緊密的聯絡，但事實已經表明，王承恩和朱平安本身也是一而二、二而一的關係，所以，作為一個剛剛加入的外來者，郭追倒是很適合做這項工作。

第二個部門便是研究所。主官是孫和鼎。何長水、以及王承恩特意找來的幾名曾跟隨畢懋康研究燧發槍的工匠，以及中都時便跟隨主朱平安的匠戶將成為這個部門的核心成員。等到研究所不如正軌之後，朱平安還打算將何長水從研究所中抽調出來，成立軍械製作局，將科研和製造分為兩個獨立的部門。而馬伕王之所以沒有進入研究所，則是因為朱平安認為，他醫學上的造詣遠遠高於他在研究某些歪門邪道方面的水平。朱平安打算在實際合適的時候，成立軍隊的戰地醫療部門，馬伕王將是最合適的人選。

之後，研究所還將補充進入一批精兵強將。包括，孫和鼎的兩個弟弟，孫和鬥、孫和京。還有朱平安很感興趣的兩個人，一個是王徵，還有一個是張濤，兩人都是孫元化主政登萊時期的研製鑄造新式火器的骨幹人物。

其中王徵已經年逾六旬，身體情況不佳，雖然婉拒了孫和鼎和朱平安的邀請，但卻推薦了自己的兩個學生前來登州。而《西洋火攻圖說》的作者張濤則在廣東一帶遊歷，孫和鼎專門請自己的弟弟孫和京趕赴廣東尋找，相信不久之後便會有訊息傳來。

而第三個，則是貨真價實的情報部門。斬決決定很大意義上是被情報工作所左右的。朱平安從後世的經驗來看，成王敗寇除了天時地利人和的因素，最關鍵的原因便是訊息的掌控程度。大戰未始，情報先行，這是毫無疑問的。

軍情處應運而生。第一任主官，自然是陰世綱。情報網路是現成的，只要將朱平安原本建立起來的情報網路雛形與沈名先掌握的機構合二為一，便可以組建起一套完整的覆蓋於整個山東的情報網路。接下來要做的，便是要按照朱平安所編撰的關於情報工作的指導意見和工作紀律等一系列教材對情報工作進行改良完善。其中包括、聯絡、暗語