還兼著漁業部和農業部的差事。本來三娘想要一次性把後勤部和農業部單獨剝離出來，但總覺得一下子搞出八部來也太過繁瑣，還是精簡些機構較好，是以在戶部下設了漁業司和農林司。

而兵部這次官制變動最引人注目的就是兵部之下設立的兵甲司和後勤司，這兩個司部承擔的職責便是把各軍統軍將領手中的權力剝了過來，錢糧甲器一應軍中所需今後由戶部這兩個司承擔，就不再是一軍將領掌控全軍的錢糧甲器了。這也是三娘早早的把防止手下將領坐大的手段使了出來，只要控制住一軍的錢糧甲器命脈，再強的將領也不能掀起什麼風浪來，這也意味著三娘對全**隊的控制更加嚴謹了，今後軍隊便是國家的軍隊而不是哪一個將領的軍隊了。

同時戶部還加入了關稅司，也就是負責海外貿易的關稅收取，海商出海必須先交關稅，而將後來的市舶司功能都加在了關稅司的職責上。

禮部承擔的職司不便，還是禮樂之事、科舉之事和涉外之事，三娘特別加重了理藩院的職責，並規定今後前來朝拜的藩屬之國，在還禮之時，定是要公平交易，三娘可不是那些抱著天朝上國的思想，別國進貢一些土特產，然後天朝上國為了面子問題，就賜下一些絲綢、茶葉、瓷器等等，每次朝貢還禮都是虧本的。

刑部除了掌管刑罰之外，三娘設立了監察司，主要就是負責監察百官的規行。同時刑部被剝奪了頒佈刑法的權利，刑部今後就只管查案、審案、斷案，扈元朝所有的法令皆由中書令頒佈。刑部多出的一個司部是警察司，刑部掌管的警察司負責管理各地設立的警察所，就是負責維持地方治安。

工部的職司除了之前的興修水利、修橋鋪路、營造屋宇、宮殿、城垣之外，三娘新設了火器司、船舶司、機械司三個司部。火器司就是負責製造、研發各種火器、火炮、火藥的司部，該司部早在山東路時就存在，當時的山東路的工匠們都被集中到一起，專門修繕火器和配製火藥，如今只是正式掛牌而已。船舶司也是在山東路時就有，負責管理船隻、建造船隻。同時船舶司還要該管內河航運往來的各種船舶，也算是江海事局的前身。機械司負責的事也不少，從礦產勘探到開採、冶煉，以及各種機械的製造等等。

六部官員和屬員大都是由山東路出身的文官擔任，他們在山東路實行的新政已經有了很好的經驗，接下來只是推廣全國的問題而已。而梁山出身的老兄弟中，只因很多都是武將出身，是以在六部擔任官職的並不多，只有穆弘為兵部尚書，韓韜、彭、黃信、孫立等人在兵部任侍郎，鐵面孔目裴宣為刑部尚書，蔡福、蔡慶在刑部任職，九尾龜陶宗旺在戶部農林司任職，孟康在船舶司任職，湯隆在兵甲司任職，金大堅、蕭讓在禮部任職。

其餘梁山老兄弟都是武將出身，三娘在全國設立了東西南北中五大軍區，負責統領天下兵馬，負責戍邊和保衛地方。其餘梁山武將及田虎、方臘麾下降將都在五大軍區之內擔任軍職，此間就不一一贅述。總之三娘為跟隨自己的一干老兄弟都安排好了，除了擔任軍職之外，三十六天罡正將都按戰功封了侯爵或伯爵之位，其餘將佐或封男爵、子爵，都有爵位封賞。

扈元朝將地方行政體系也做了改變，將宋朝的一路行政單位改為行省，比如山東路改為山東行省，三娘還是習慣用行省劃分地方行政區域，而沒有沿用宋朝的什麼一路軍州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是縣，縣之下是鄉，鄉之下便是村。三娘在地方管治上一改前朝通病，那便是縣以下便沒有很好的管治，多是鄉民自治。扈元朝在縣之下還設了鄉和村兩級單位，鄉長和村長一般也是由村民自己推選，不過朝廷加入了監察和政績考核，同時也給朝廷俸祿，對縣以下更小的地方行政也有效管治了起來。

同時三娘還設立了御史監察臺，負責