扈嵐得承帝位，詔命群臣，建號大元，定都燕京為中京，仿宋例定五京，以會寧府為北京，開封為南京，山東濟州府自己發跡之地為東京，山西太原府為西京。三娘定五京，首次有關外州府為京，又將都城定在燕京，顯示了她想要控制北地，徹底斷絕來自漠北遊牧族的威脅。

本來群臣大多都反對遷都燕京的，原因很簡單，燕京那裡人口太少，水運漕運也不及開封便利，實在不是帝都的首選，但三娘還是力排眾議，定下便在次年遷都，便還有一年時光準備。

定下國號與國都之後，三娘改年號為宣武，以次年為宣武元年，冊封魯王世子扈宗明為太子。改宋朝官制，建立元朝官制，正式建立中書省總理政務，以太子扈宗明為中書令，此後中書令均由元朝皇太子兼領，定為虛銜。中書省長官，中書令以下，設左、右丞相為實任的宰相，以宗澤為左相，宿元景為右相。下設平章政事四員、左右丞各一員、參知政事兩員為副相，以李綱、黃裳、汪藻、楊時為平章政事，黃文炳為左丞，婁敏中為右丞，聞煥章、高俅為參知政事。

扈元朝的中書省自中書令以下，實權人物共有十人，便是替皇帝掌控全**政大事的中樞，中書省也被後世稱為十人內閣，得入中書省的都頂著各殿大學士的名號，後為常例。

軍事上，三娘保留了樞密院，設樞密使正副各一人，以种師中為樞密使，盧俊義為樞密副使，种師中年事已高，其實樞密院的實權都在盧俊義手中。再設樞密院同治六人，分別委以關勝、岳飛、林沖、王稟、王彥、呼延灼六人出任。樞密院在三孃的官制體系中更偏向實際領軍作戰，自扈元朝開國之後，每遇戰事都是樞密院內將領出徵領軍作戰。

樞密院內還設參謀部、情報司、海軍部三個要害部門。參謀部便是樞密院評估周邊諸國實力，推演與假想敵作戰方略，擬定各種作戰計劃，編練天下軍馬之地。情報司顧名思義便是蒐集情報的地方，情報司是偏重軍事情報蒐集，處於明面上的情報機構，而錦衣衛始終是三孃親自掌管的大內情報機構，二者互不重疊。海軍部便是掌管天下海軍的部門，編練天下海軍、內河水軍，沿岸、沿河防務都屬這個部門。

參謀部便是朱武為首，官拜樞密院僉事，下首有唐斌、文仲容、孫安、李應、朱仝、楊志六員大將為輔，官拜樞密院院判。情報司以燕青為首，官拜樞密院僉事，下首馬靈、鄭鷹、時遷、白勝四人為輔，官拜樞密院院判。

海軍部以李俊為首，旗下轄四大海軍艦隊並長江、黃河兩大南北水系內河水軍。四大艦隊便是北海艦隊、南海艦隊、東海艦隊以及遠洋艦隊，分別以阮小二、阮小五、阮小七、張順為提督，總領四大艦隊，“赤須龍”費保、“捲毛虎”倪雲、“瘦臉熊”狄成、“太湖蛟”卜青四人分為四大艦隊副提督。另有張橫為內河水師總提督，童威童猛兩兄弟分別為南北水師提督。

樞密院下設六部，與宋制相同，也一般的是吏部、工部、戶部、禮部、刑部、兵部。每部尚書改為一員，每部侍郎改為六人，每部配屬簿書、文吏、算官若干。

凡分受官員稟奏，吏部主管封賞之外，還要管各地官吏的任免、官吏的年績核考、官吏升遷降職等事務。與宋制不同的是，三娘將各州縣小吏也定了品級，正式納入官員體系，也一般的有升遷排程，而不是像宋朝那樣，小吏永遠只是小吏，幹了幾十年還是一個小吏，而且小吏也能透過考核正式升任官員，只不過考核的內容比較變態，難度很高，除了在任時候的政績之外，還要有一技之長，然後是嚴格的考試，考試題目自然是類似後世的公務員考試，只不過扈元朝的公務員考試更注重實用。

戶部主管全國錢糧、人丁口數、農田土地數目、各軍甲器、各種牲畜數目等，總之戶部不僅承擔了後世統計局的差事，