要去管政治；現在學生不讀書上街遊行，校長管不住學生，是為失責，就應該辭職。

但是蔡元培的教育思想是存在著矛盾的，一位外國學者分析蔡元培對北大的期待就存在著矛盾的兩個方面：一方面他期待北大成為一個“獻身學術研究和自我修養的一個封閉的聖地”，與社會隔絕，靜心做學問；但同時他又希望大學（特別是北京大學）能夠擔負起“指導社會”的責任。魏定熙：《北京大學與中國政治文化》，金安平、張毅譯，北京大學出版社，1998年，頁191、171。因此，他支援北大的老師辦《新青年》，學生辦《新潮》，透過現代傳媒把北大校園裡的思想傳播到社會中去。他還提倡平民教育，鼓勵學生走出校門，對平民進行宣傳、教育。他想透過這些方式，把北大的校園文化轉化為社會文化。這背後的理念就是知識分子應該對國家和社會發揮領導作用。在蔡元培看來，這正是中國的“清流傳統”：“往昔昏濁之世，必有一部分之清流，與敝俗奮鬥，如東漢之黨人，南宋之道學，明季之東林。”蔡元培：《北京大學之進德會旨趣書》，《蔡孑民先生言行錄》，頁172。這就是說，作為北大校長，蔡元培既想把校門關起來，成為一個封閉的學術聖地，又想開啟校門去影響社會。——他的初衷是希望這種影響限制在思想、學術、文化範圍內，期待北大成為思想文化學術的中心，最好不要干預政治。但思想、文化、學術和政治有時就很難區分，比如說有名的林蔡之爭是純思想文化學術問題嗎？顯然後面是有政治背景的。既想要學校影響社會，又要把影響限制在思想學術範圍內，同政治拉開距離，這在中國的現實中，幾乎是不可能的。而且更復雜的是，到最關鍵的時候，連蔡元培自己也要發動學生去幹預政治。根據現在看到的材料，當中國在巴黎和會的外交談判中失利時，蔡元培一反常態，在1919年5月2日就召集學生開會，說這是國家存亡的關鍵時刻，號召大家起來奮起救國。當天晚上，外交部長秘密派人告訴蔡元培，當時的國務總理已決定要中國代表團在巴黎和會上簽字。情況萬分危急，蔡元培唯一的辦法就是靠學生起來喚醒民眾，於是當夜召集學生代表開會，把這個訊息告訴大家；緊接著又召集北大教職員開會，一致決定支援學生運動，對學生行動不加阻撓，其實是鼓勵學生上街遊行，最後就發生了五四愛國運動。在某種程度上，五四運動這把火是蔡元培點起來的，儘管這是違揹他的初衷，不得已而為之的。因此，完全可以理解當學生被捕時蔡元培內心的痛苦，他顯然有一種內疚感，萬一學生有個三長兩短，他就不是辭職的問題了。良知與責任使他必須挺身而出，保護學生。但是，當學生一旦被釋放，他就立刻提出“讀書不忘救國，救國不忘讀書”，在《告北京大學學生暨全國學生聯合會書》中重申“以研究學問為第一責任”，“使大學為最高文化中心”，並告誡學生：“諸君喚醒國民之任務，至矣，盡矣，無以復加矣”，萬不可為“參加大多數國民政治運動之故而絕對犧牲”自己的學業，要求學生回到課堂埋頭讀書。蔡元培：《告北京大學學生暨全國學生聯合會書》，《蔡孑民先生言行錄》，頁190—191。但學生並不是可以要救國就去救國，要讀書就立刻回來讀書的，蔡校長再有威信，想招之而來，揮之而去也是不可能的：這是蔡元培教育理念的矛盾使他陷入了困境。另一方面，五四運動發生以後，當時政府###即通令各校對學生要嚴儘管理之責，稍有不遵守約束者，應即以教訓，不得姑息。蔡元培固然沒有聽從###的指令，但仍然是承受著巨大的壓力的。更重要的是，蔡元培作為北大一校之長，他還有另一層考慮。據蔣夢麟回憶，他當時擔心“今後將不容易維持秩序，因為學生很可能因為勝利而陶醉。他們既然嚐到權力的滋味，以後他們的慾望恐怕難以滿足了”蔣夢麟：《西潮》，收入《西