朱清時的所謂“量子真氣”，其實在科學上面早就解釋的清清楚楚。中國中醫科學院氣功研究室主任張洪林教授指出，朱清時信仰的就是偽氣功， 他所謂的“氣感”不過是一種幻覺。

我與中國科學院上海生命科學研究院神經科學研究所的一位研究員對所謂的“真氣”“超自然體驗”進行過談論。很多專業人員都把朱清時的個體體驗當做客觀現象來研究，從生理學的角度解析。

實際上，為什麼很多氣功修煉者最後發展到患上精神疾病，就是因為氣功本質上屬於有民族特色的心理暗示療法，如果練習者操作不當，就會人為的誘發為精神病人。雖然一些人事先也知道危險，但由於冥想並沒有“安全標準”，所以“出偏”機率依舊很大。“出偏”就是氣功範疇內的走火入魔，在醫學上指的就是精神疾病。

我們多次看到，朱清時一個人在臺上侃侃而吹，臺下一排排坐著給他鼓掌的沒有一個是物理學專業人士，全部是光頭的出家人。出於“僧贊僧”的心態，這些出家的“利益共同體”當然拼命為朱清時鼓掌。但是我也直接認識幾位佛門的高僧，他們也從內心裡反對朱清時的說法，認為他既不懂科學，也不懂佛學，但不好意思公開反駁而已。

科普作家吳京平則指出：

現在來看，朱清時的真氣說，恰恰就缺乏科學檢驗的必要環節。從媒體報道的講座來看，朱清時在“自己發現真氣的過程”和“解釋真氣的來源與功效”的闡述中，不乏《達摩禪經》和物理學理論“麥克斯韋妖”的“跨界融合”和“相互成就”。但嚴肅地說，前者是宗教經典，後者則只是物理學的理論雛形，兩個完全不搭的概念，卻“會師”在真氣修煉之說中，並被賦予瞭解析與論證該言說的使命，這恐怕是讓兩邊的擁躉都難以接受的。畢竟，這樣的混搭，實在是太過感性了。

此外，朱清時想賦予真氣“必須擺脫熱力學第二定律的限制”的美好願景，也顯得令人難以置信。倘若果真如此，那石油、煤炭等產生熱力的資源就可以從此退出歷史舞臺了，靠真氣進行力量牽引，世界就美美與共了。願望固然美好，但很多已被科學論證的真科學，就現階段而言是不可逆的。誠然，為打破人類發展的瓶頸，科學家們必然是大膽假設，小心求證，但也都是目光所及的，而非跳躍到腦洞之外，讓人無處下腳立足。

倒是有一點是非常明確的，朱清時說他從2004年開始練習呼吸法門，直到2014年他卸任公職，心才真正安靜下來。退休帶來的身份大轉換，對於壓力如影隨形的社會精英而言，是一種釋放，也隨之會帶來一身輕的愉悅和放鬆。從這個小切點而言，“拿得起”“放得下”的心態有利於身體健康，這是醫學常識。但如果把快樂都歸功於真氣修煉的話，怕是少了些科學兼聽則明的公允。這應該不是一個科學家的風格。

朱清時院士對於化學領域學科的造詣，這是無需贅言的。他對於真氣修煉的個人興趣愛好，別人也不能置喙。但在尊敬和認同之間，大眾更期待在公共場合看到一個能用科學道理來解惑的朱清時，這利於科學的傳播效應，更是遵從於科學驗證的因果關係。而他對於真氣的修煉感悟，大可作為同好之間的私下分享，但要把它推介於公眾時，還需三思。畢竟，在講座上說出“初步試驗結果表明”“可能存在”這樣的詞彙，實在和一個科學家身份不符。

我的朋友，天體物理學博士孫正凡也撰文指出，朱清時院士是在用科學給偽科學化妝，直斥朱清時就是在宣揚迷信和偽科學。這篇文章對朱老先生的觀點和論據進行了逐一的駁斥。老孫的幾個主要觀點是：科學規律不可以到處濫用，科學與宗教的思考正規化無法通約，用科學證明宗教存在致命的危險。最後老孫的結語是，朱老先生其實就是發明了一種量子巫術而已，傷害的不僅僅是