之路後，作為西陲重鎮的敦煌，成為溝通中原和西域的交通樞紐、絲綢之路沿線的商業中心，以及各種民族與文化交匯的場域。

其中，佛教文化和藝術在內的中西文明在這裡交匯、碰撞，這是敦煌石窟藝術產生的歷史根源。

莫高窟開鑿興建的年代，不同的文獻資料記載稍有出入。目前多數學者所同意的觀點是前秦建元二年（366）樂僔和尚在莫高窟創鑿洞窟，法良禪師接續建造。

據武周聖曆元年（698）《李君修慈悲佛龕碑》所記載，“莫高窟者，厥前秦建元二年(公元366年)，有沙門樂僔，戒行清虛，執心恬靜，嘗杖錫林野，行至此山，忽見金光，狀有千佛，造窟一龕。次有法良禪師，從東屆此，又與僔師窟側，更即營建。伽藍之起，濫觴於二僧。”

到北涼時期，此地已形成了小型僧侶社群。這些洞窟最初只是作為隱士僧侶的冥想修行之所，但後來發展為服務於附近興起的寺院。

此後，北魏宗室東陽王元太榮（本名元榮），北周貴族建平公於義先後出任瓜州（敦煌）刺史，受崇佛造像風習的影響，莫高窟開始發展。

隋和唐前期，敦煌成為絲綢之路的主要商業樞紐和重要的宗教中心，莫高窟也進入鼎盛時期，成為各方的朝聖之地。這一時期，莫高窟建造了大量的洞窟，其中包括兩個大像龕。

作為冥想的輔助，作為向不識字的人宣傳佛教信仰和故事的教學工具等，這些洞窟空間及內部壁畫與造像被精心營造。主要的洞窟通常由佛教僧侶、地方統治精英以及中原帝王等贊助人贊助，其他洞窟則由商旅、軍官和當地的人（如婦女團體）資助。

安史之亂後，建中二年（781）吐蕃佔沙州（敦煌），在吐蕃贊普保護下，莫高窟得以繼續發展。大中二年（848）張議潮率兵起義，收復河西十一州失地，奏表歸唐。在張氏歸義軍政權統治的晚唐時期，張氏家屬及其顯貴姻親在此繼續修建。

乾化四年（914）曹議金取代張氏執掌歸義軍政權，曹氏家族統治瓜（安西）沙（敦煌）120多年，新建洞窟，還全面重繪重修前代洞窟和窟簷，在崖面上大面積繪製露天壁畫，使莫高窟外觀蔚為壯觀。

北宋景佑三年（1036）和南宋寶慶三年（1227）此地先後為西夏、蒙古政權統治，儘管仍有興造修葺，但伴隨絲綢之路失去重要作用和敦煌經濟蕭條，莫高窟已趨衰落。元以後停止開窟。

概括而言，莫高窟興於十六國時期，歷經北魏、隋、唐、宋、西夏而訖元代。

發現和保護，莫高窟在明代一度荒廢，鮮為人知。

至清代(1644-1911)流放到中國西部地區的官員提供了關於該地區（今新疆維吾爾自治區和甘肅省）語言、民族和地形的連續記錄。

在中國的各個朝代，這種地方文獻的編撰傳統一直傳承不輟，自《漢書》以來的各朝官方史書中，都設“西域傳”。伊犁將軍松筠(1802-1809年在職)命謫戍官員編撰新疆的地方文獻。

為了完成撰述，徐松於1815-1816年進行了實地考察以蒐集資料，其間，他考察了敦煌的佛教洞窟遺址，記錄了莫高窟建窟碑。此外，他還注意到一些其他的古代遺址。

徐松刊佈了一些著作，其中包括《漢書西域傳補註》和《西域水道記》。

徐松還撰有新疆詩集一部（《新疆賦》），這是中國貶謫文人的另一種文化傳統。

紀昀（1724-1805，1768年貶逐）在烏魯木齊的詩歌和日記，以及洪亮吉（1746-1809，1799貶逐）的詩歌，都提供了非常有價值的第一手資料。許乃谷（1831-1834年任敦煌知縣）繼承了這個傳統，著有《千佛洞賦》。