，設長江水師提督一員統領全軍。

清末水師之一。由湘軍水師改編，設提督、總兵、副將、參將、遊擊以下各官， 惟仍守湘軍之營哨建制。

同治元年(1862)置提標五營;五年復置湖南嶽州鎮標、湖北漢陽鎮標、江南瓜洲鎮標各四營，江西湖口鎮標五營。

凡長江水師二十二營，設提督一人、總兵四人、副將五人、參將七人、遊擊十一人、都司四十四人、守備四十四人、千總一百六十人、把總一百九十八人、外委二百七十二人，兵丁一萬一千零六十四名。

其總兵及副將、參將、遊擊，各於收泊戰船處所立汛建署，為營汛治事之地，惟不得在署常居;都司、守備各官以至兵丁，以船為家，不得陸居。

總兵座船三艘，督陣舢板二艘;副將座船二艘，督陣舢板一艘，長龍船二艘;遊擊座船二艘，督陣舢板一艘，長龍船一艘;都司二人，各座船一艘，長龍船一艘;守備一人，座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘;四哨千總八人，各座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘; 四哨把總九人， 各座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘;四哨外委十一人，各座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘;又外委一人，管帶督陣舢板，有座船一艘。其長龍戰船，每艘設舵兵一人、頭兵一人、炮兵二人、漿兵十六人， 或舵兵一人、艙兵一人、頭兵一人、炮兵四人、漿兵十八人，各設千斤頭炮二位、七百斤邊炮四位、艙炮一位;舢板船設兵十四人，八百斤頭炮一位、六七百斤哨炮一位、船邊五十斤轉珠小炮一位。洋槍刀矛之屬，各隨宜分配。

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早在湘軍水師在鎮壓太平天國起義的過程中，曾國藩便萌生了將湘軍水師改為長江水師的想法。咸豐十一年(1861年)湘軍佔領安慶的時候，清廷下諭曾國藩諮詢籌設長江防守事宜。曾國藩復奏，以為江防局面宏遠，事理重大，而湘軍水師船隻至千餘號，炮為至二、三千尊，逐年積累，成此巨觀，將來戰事定後，利器不宜浪拋，勁旅不宜裁撤，應專設長江水師提督一員，添設額缺若干，安插此項水師，以壯江防，而絕中外窺伺。

奏請將團練式的湘軍水師改建為經制綠營式長江水師。

清政府考慮到要維護長江一帶的穩定和安置湘軍立功水勇，批准了曾國潘的建議。

於是以湘軍水師改建為經制的長江水師

長江水師在改制之後，其官兵人數變化不大，武器裝備長期沒有更新，木質師船伴隨其始終，前裝洋槍炮、舊式鳥槍以及刀矛等冷兵器更新緩慢。

長江水師自始至終幾乎沒有使用過近代兵輪，儘管其提督曾統領過南洋兵輪，但它們並不歸長江水師使用。

長江水師主要以資歷和關係為標準。從其內部選拔原湘軍立功水勇為軍官，招募沿江漁民為水兵，高階將官職位基本上被湘淮集團所控制，具備近代軍事知識的新式人才很難進入。

它固守原湘軍水師訓練方式和治軍條例，並保留了綠營水師的一些規章。

長江水師經費主要由沿江五處厘卡供給，歲餉70餘萬兩白銀，卻被大量的整體人事經費佔去。

長江水師實質上已經成為紀念湘軍水師昔日輝煌和湘軍立功水勇安度餘生的地方，其戰鬥力始終保持在舊日湘軍水師的水平。

：()清末起義恩仇錄