理衙門的代理，成了“有實無名”的“外交部長”，李鴻章在天津的辦公衙門成了真正意義上的“外交部”。不過，李鴻章多次以欽差大臣的身份被特派去簽訂不平等條約，替軟弱無能的清政府背了一口又一口黑鍋，當了“背鍋俠”，就是這麼來的。另外，北洋大臣負責遼渤海的海防，而直隸總督負責陸防，李鴻章身兼北洋大臣、直隸總督兩個職位，海陸防務李鴻章都得管。

北洋水師這提法，最早是江蘇巡撫丁日昌提出的。他提議清政府要建立三支海軍：北洋水師、中洋水師、南洋水師，防區大概相當於今天的北海艦隊、東海艦隊、南海艦隊，分別負責黃渤、東海和南洋的海防。

新成立海軍衙門後，李鴻章當了海軍衙門的會辦，相當於海軍副司令。因為清政府是畢竟是愛新覺羅的家天下，在抓權這問題上毫不含糊。海軍衙門的性質與總理衙門大約類似，在海軍建設中並沒有發揮太大的作用，真正主持海軍建設和管理工作的還是北洋大臣和南洋大臣。

也就是說，李鴻章當了直隸總督，就掌握了直隸最高軍政大權，當上了北洋大臣，掌握了外交大權和創辦海軍的權力。但清政府是滿人的政權，既要讓李鴻章幹活，又要防著李鴻章造反，李鴻章心裡對此非常清楚。

總理海軍事務衙門正式成立後，官員設定仿照總理衙門，由光緒帝的生父醇親王奕譞主辦，派慶郡王奕劻和李鴻章會辦，由兵部右侍郎、曾國藩之子曾紀澤幫辦。同中央政府的官制一樣，滿漢雙規，以滿清王大臣為統領，平衡各方勢力。

但李鴻章的權力太大，滿清朝廷內眼紅的人是不少的，尤其是“清流”大臣。就在1886年1月，一封告李鴻章狀的奏摺打破了清廷的寧靜，矛頭直指李鴻章。此人是朝中著名的“翰林四諫”之一的黃體芳，和張佩綸名氣差不多，文筆犀利，氣勢逼人，他說李鴻章身為大清國的封疆大吏，事務繁忙，平日裡沒有時間打理海軍，戰事一開又不聽排程，中法戰爭期間福建水師告急，朝廷讓北洋艦隊派“超勇”號和“揚威”號前去增援，可北洋艦隊竟然抗旨不遵，現在讓他擔任海軍衙門會辦，只怕惡習難改，只會以保護京師為名，行擁兵自重之實，不聽朝廷調遣。他還說李鴻章用的都是些貪贓枉法之人，到時候只怕海軍難當大任，最後他建議去掉李鴻章的海軍衙門會辦一職，讓曾紀澤回國頂替。

黃體芳有兩句話很是惡毒，在奏摺上說如果讓李鴻章進入海軍衙門，只怕“水師非中國沿海水師，乃直隸天津之水師；非海軍衙門之水師，乃李鴻章之水師”，他還說只怕過了幾天，等李鴻章羽毛豐滿之後，到時候中國海軍“恐用以禦敵則不足，挾以自重則有餘”。

歷來君主最怕的就是臣子擁兵自重，滿族入關一直把防範漢人作為基本國策之一，黃體芳作為漢人站在滿人朝廷的角度向李鴻章發起猛烈攻勢，他相信就算朝廷不把李鴻章弄出海軍衙門，也不會拿他怎麼樣，最多批評幾句就完了，反正藉此可以敲打敲打李鴻章。

可是這一次，黃體芳卻錯了。李鴻章並不替自己申辯，表示如果朝廷問責，自己可以按慣例引咎辭職。

二十年來的洋務和軍務基本是李鴻章一手操辦，在國內的資歷和威望以及實力已經無人能敵，不斷式微的清政府不依靠他來苟延殘喘，還能依靠誰？見有人攻擊李鴻章，慈禧竟然勃然大怒，狠狠地批評黃體芳，說他“妄議更張，跡近亂政”，把黃體芳交給戶部�