商毅道：“史閣老，吳閣老，這裡馬上就要打仗了，你們先保護著皇上的遺體，退到鐘鼓樓去吧？”

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等史可法等人都撤走以後，商毅才開始安排兵力，現在商家軍的兵力分佈：是李定國部駐守在南京西邊的莫愁湖，守衛著石城門和三山門，一個步兵旅駐守在聚寶門，留守在南京城裡的，只有特種兵旅。

城裡駐守的兵力，顯然是不夠的，而現在聚寶門是清軍的主攻方向，不能從這裡抽調人馬，因此只能派人，從李定囯的第九師抽調一個團來，增援南京城裡的駐守兵力。

從南京皇宮西門到鐘鼓樓一帶是南京城的中部城區，也是最繁華的地區，這一帶的街道縱橫交錯，岔口眾多，密如棋盤，並不是一個好駐守的地方。商毅在計劃南京巷戰的時候，是把這裡當戰場，而不是據守點。而且現在只有一個旅的兵力，更不可能守住了。

但原計劃以皇城和鐘鼓樓互為犄角的巷戰佈局，也因皇城的失守而被破壞，因此也不能輕易就把這一塊中心區輕易就放棄掉，因此商毅下令將全旅分散成以營為單位，分別以府軍右衙、珍珠橋西十八街，西安門外大街，常府街、馬府街、中正街、太平裡這七個主要的街道、地區為主要駐守點。而商毅和段鵬帶著剩下的一個營以及商毅的衛隊，在花牌門樓橋一線駐守，做為預備隊。並且把臨時的指揮部設立在上元府。

商毅剛剛把防守的兵力分派完，只有西安門外大街和珍珠橋十八街這兩條街佈置好了防守的兵力，其他幾個街道和地區的駐守軍隊才剛剛出發，清軍就以經從皇城中殺出來了。因此商毅也立刻下令，駐守西安門外大街的特種兵營立刻出動，向清軍發動進攻，以吸引清軍的兵力，好為其地各路軍隊進入自己的防區蠃得時間。而預備隊馬上在街上佈置防守陣地，準備接應。

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雖然皇城裡的細作在和商家軍的戰鬥中，處處受制，但在其他明軍的戰鬥時，卻打得心應手，充份發揮他們個人武力出眾，近戰能力強的優勢，很快就朝陽門開啟了缺口，清軍趁機也在城外發動猛攻，首先攻破了朝陽門，然後分兵兩路，一路由東安門攻入皇城，一路沿城牆來支援正陽門的人馬。

因此守衛正陽門的人馬同樣也抵擋不住，立刻棄守了正陽門，而黃得功也帶領著人馬，由通濟門逃出，沿著秦淮河向東敗逃。

攻破了正陽門之後，清軍也立刻向北直進，經由洪武門、承天門、午門一路殺進皇宮裡。這時的皇城根本就沒有任何的抵抗之力，因此兩路清軍都長驅直入，在紫禁城裡的太和殿前會師。而被商家軍擊敗的襲擊皇宮的清廷細作這時也又趕來與清軍匯合，並指引著清軍從西安門殺出，追擊商家軍。

出了皇城之後，清軍在西皇城根大街上橫展開，而就在這時，商家軍也從西安門外大街向清軍發動了進攻。

城市巷戰，也是前一段時間商家軍的重點訓練，進攻是呈立體式展開，從街道和屋頂同時進行，首先從街道上一陣排槍齊射，而在屋頂上，也連續扔下了十幾顆手榴彈。

這一陣突襲頓時給了清軍當頭一棍，帶領清軍主將叫努山，是前鋒營統領，在他看來，攻破了城牆，就等於是大局以定，佔領了南京，這個時候的商家軍，應該是倉惶出逃才對，完全沒有想到，他們會