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莫里哀塑造的主人公唐璜是一個十足的徹頭徹尾的無神論者，這使篤信宗教的信徒們感到十分沮喪，不久這種沮喪情緒變成了憤怒，他們發表了批評《唐璜》的一系列文章。有個化名洛士蒙的人寫文章要求對莫里哀加以嚴懲，同時他提醒說，奧古斯丁大帝曾莫里哀傳 ？８１？經處死了嘲笑丘位元的侍從小丑。除了奧古斯丁之外，他還提到另一個羅馬皇帝費奧多希亞，這個暴君把類似莫里哀一類的作者都處以裂刑，把他們拋給野獸，使之被撕得粉碎。

繼洛士蒙之後，另一位作家發表評論，竟然說，假如《唐璜》的作者能和他的主人公一起被天雷擊斃，那才是天大的好事呢。後來，希望天雷擊斃莫里哀的呼聲甚囂塵上，日甚一日。

全劇中唐璜和乞丐之間的那一場離奇的戲引起的反響最為強烈。唐璜問乞丐：你在做什麼事情？乞丐回答說：我整天為哪些賞給我點什麼東西的施主們的平安康順祈禱。唐璜針對他的回答說：一個整天祈禱的人不可能生活得不好。然而乞丐承認他是很窮苦的。於是，唐璜說，可見他的一片苦心並沒有得到上天的好報。唐璜並且表示原意給他一個路易，但要求這個可憐的人必須咒罵神。乞丐拒絕這樣做，而唐璜還是給了他一個路易，照他自己的話說，這是“出於仁愛之心”的緣故。

由於《唐璜》劇中主人公是一個拋棄一切道德和宗教信仰的虛無主義者，教會集團便以“褻瀆宗教”的罪名對莫里哀發動圍剿，咒罵莫里哀是魔鬼，而且恐嚇路易十四，說國王如果不能懲罰這個危險人物，就有洪水猛獸之禍。這場戲莫里哀甚至把一向對他比莫里哀傳 ？８２？較友好的人得罪了，作者讓自己的主人公終場遭受雷擊，更是大家所不能接收的。有的當年保護過莫里哀的人，也出來指責《唐璜》。　一時間，莫里哀被認為是“公開的無神論派　”，在社會上受到攻擊。這出戏也只上演１５場，不準再演。

這樣一來，莫里哀樹敵過多，劇團的演出進入了蕭條時期。沉悶的夏天漫長而又慘淡淒涼，在家裡，已經懷孕、脾氣易怒的妻子經常與他吵架。莫里哀心緒不佳，簡直到了難以忍受的地步，他不得不借酒澆愁，於是莫里哀和他的一些老同學，其中有：克勞德？夏佩爾以及拉封丹、布瓦洛和正在走紅的新秀讓？拉辛到一些下等酒館飲酒解憂。

８月４日，妻子為莫里哀生下一個女兒。幾天後，劇團發生了一件使全團情緒為之一振的大事。１６６５年８月１４日這個值得紀念的星期五，國王下達詔令：從今往後，劇團改歸國王個人管轄，並加封其為帕萊？羅亞爾皇家劇團。與此同時，還規定劇團每年的年金為６０００裡佛爾。

這時，莫里哀的身體受到了損害，他的胃部出現劇痛，這種疼痛幾乎一直都在折磨著他。此外，他咳嗽也越來越厲害，有一天竟咳出血來。

莫里哀的病情稍有好轉，他就又在話劇領域裡進行大膽的探索。在五天的時間裡，他編劇、排練了一莫里哀傳 ？８３？臺加上序幕的三幕芭蕾舞喜劇，取名《醫生的愛情》，這部戲又得罪了巴黎的醫學界。劇中出場了四位醫生，個個都是地地道道不學無術的騙子。

莫里哀時代，由於宗教的黑暗統治使得醫學發展極其落後，是醫學發展的黑暗時期。莫里哀經常生病，這使他的身體極端虛弱。他到處求醫問藥，然而醫生們都束手無策。在那個時代，醫生大都不能把病人治好。當時的醫生非常缺乏藥物，用鴉片作為鎮痛劑；把一種火槍裡流出的水當作是治療傷口的藥水，裡面還摻入毒性或大或小的毒品，在配製過程中還要放如砒霜、馬糞、螞蟻汁、鐵末、鹿角屑、硫酸鹽