元朝掌管全國佛教事務並統轄吐蕃地區的中央機構。初名總制院，於至元元年（1264）設立，以國師八思巴領之。二十五年，尚書右丞相兼總制院使桑哥，以總制院統領吐蕃各宣慰司軍民財谷，責任甚重，宜加崇異，奏請用唐朝皇帝在宣政殿接見吐蕃使臣的故典，改名為宣政院，秩從一品，用三臺銀印。以帝師領院事。置院使二員（後增至十員），其為長者常以朝廷大臣擔任，位居第二者由帝師推薦僧人擔任。宣政院官屬得自選用，與中書省、樞密院、御史臺並為元朝四個的任官系統。

滅宋後，即置江南釋教都總統；至元二十八年，又分設行宣政院於杭州，掌江南各省佛教，其後曾兩度廢而復置。吐蕃發生變亂，亦設行宣政院前往當地處置，唯重大軍事行動需與樞密院商議。諸路、府、州、縣置僧錄司、僧正司、都綱司，為宣政院下屬地方機構，管理各地佛寺、僧徒。

至大四年（1311），罷僧錄等司，凡僧人詞訟皆歸管民官決斷。至順二年（1331），復於各省置廣教總管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院選僧俗官任達魯花赤、總管等職。

元統二年（1334）罷。宣政院所轄吐蕃之地，分設三道宣慰司：吐蕃等處宣慰司都元帥府（又稱朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帥府（又稱朵甘思宣慰司）、烏思藏納裡速古魯孫三路宣慰司都元帥府（又稱烏思藏宣慰司）。宣慰司下轄安撫司、招討司、宣撫司和元帥府、萬戶府等。自宣慰使都元帥至萬戶等各級官員多以當地僧俗首領擔任，由帝師或宣政院薦舉，朝廷授職。

元代特別重視宗教，對於佛寺大加保護，特設總管機構&ldo;大禧宗禋院&rdo;，有院使、副使等官。所屬各大寺院設總管府（如&ldo;南鎮國寺&rdo;，設龍禧總管府；大&ldo;護國仁王寺&rdo;，設會福總管府；&ldo;大承天護聖寺&rdo;，設龍祥總管府等）。此外還設有田賦提舉司、營田提舉司、財用所、民佃提領所、香戶提舉司、營繕司等。在這方面幾乎政教不分，而以正式官署管理寺院事務也是前代所未有的。

歷代掌管宮廷器用之製作多為少府監所屬官署。而將作監則掌管公用之建築。元代升將作監為將作院，專司宮廷器用及衣冠服飾之製作。其所轄各種工藝品的作場也是非常繁多的，依其種類分設三個總管府掌管：一、諸路金玉人匠總管府。所屬有玉局提舉司、金銀器盒提舉司、瑪瑙提舉司、金絲子局、帶斜皮局、瓘玉局、浮樑磁局、畫局、裝釘局、大小雕木局、溫犀玳瑁局、漆紗冠冕局等。二、異樣局總管府。所屬有異樣紋繡提舉司、異樣織染提舉司、紗羅提舉司等。三、大都等路民匠總管府。所屬有備章總院、尚衣局、御衣局、織佛像提舉司等。

關於宮廷的職事，專供皇后的有中政院，所屬有中瑞司、內正司、正翊司等。專供太后的有徽政院；供應太子的有儲政院。總之，元代的皇后、太后、太子諸王都可以有領地，有丁口，國官與宮官交錯設定，政令分歧，是歷史上所僅見的奇特現象。

元代所設各院，與傳統比較接近的是：太常禮儀院、典瑞院、太史院、太醫院（其所屬有惠民局及醫學提舉司，是有關醫療事業與醫學教育的）。

元末設定的奎章閣及藝文監，專掌書畫鑑定及刊佈圖籍之事，也是前所未有的特設機構。

元代的驛站制度特別發達，因此而特設通政院以管理全國驛站之事，而於各路置脫脫禾孫一官以辨奸偽。

元代官制特點：

第一，除最高機構外，一般中外軍民官署皆在主官之外設一達魯花赤，主要由蒙古人擔任，特別是外官，自總管府以至府、州、縣行政實權皆操在達魯花赤之手。

第二，自仁宗始，開科取士，分蒙古人、色目人