船雖然不算少，但從結成上來說，目前商家軍的搭配並不合理，中小型主力戰艦偏多，而大中型戰艦偏少，合理的戰艦搭配應是以第三級巡洋艦為主，然後向兩頭逐次減少，因此在以後要逐漸改善這個結構。

然後商毅又將目前的海軍分為五個分艦隊，毎個分艦隊只有主力戰船和鋪助戰船，數量在二十艘到二十五艘不等，設旗艦一艘、第二旗艦一艘，旗艦艦長同時也兼任分艦隊艦長。而運輸船和哨船則根據戰場的需求，臨時分派給各支分艦隊。

因為在這個時候的海戰通迅不便，無論是多麼訓練有訓的海軍，靠一艘旗艦根本不可能指揮得了百艘以上的戰船，因此將一支船隊分散為若干支二十艘左右的分艦隊，實行層層指揮，才是最好的辦法。

另外商毅還得到了一個好訊息，自己建造的兩千料福船，己經在造船廠裡下水試航成功，可以服役使用。而且在造船廠的主體結構都己經完成，開出了大小十個船塢，並且又有兩艘二千料福船，六艘一千料西式帆船在建，預計在九十月份，造船廠建造的第二批船隻也可以投入使用了。並且還將再開挖三到五個船塢。眀年將達到年產船隻二十條以上。

而在另一邊，兵工廠也全面完工，開始全面投入生產，目前己經生產了火槍三千餘枝，其中線膛槍六十支，各種火炮五百多門，其中重型火炮為一百五十多門，包括二十門山寨版的拿破倫炮。並且還製造出三十架管風琴槍。

商毅從北京帶回的工匠中，絕大部份都是槍炮製造工匠和木匠，因此兵工廠加入了一千多人，而造船廠裡也增加了六百餘人，也能夠大大提高產量。

同時商毅也對火炮、火槍的名稱進行了統一的規定，火炮的標準命名將以口徑、重量、材質、用途等特性來定。什麼紅夷大炮、佛朗機炮這類只能算是火炮的外號或是愛稱，而正式檔案中，都必須使用標準命名。

火炮的重量等級以八百斤以上為重型，三百至八百斤為中型，三百斤以下為輕型。材質則分為鑄鐵、青銅、銅、鋼等，而用途又分為野戰炮、榴彈炮、迫擊炮、臼炮、艦載炮、要塞炮等等。這樣山寨版的拿破倫炮的標準名稱就是三寸六分口徑重型青銅野戰炮。這樣的名稱，也使人對火炮的性質一目瞭然，減少了許多不必要的誤會和麻煩。

目前商家軍火槍的種類不多，火繩槍己全面停產，主要生產的是前裝滑膛燧發槍，和前裝線膛燧發槍兩種。統稱為步槍，而以後還是和後世一樣，用數字編號來命名。

而商毅又給兵工廠的研究部下達了三個新的研究課題，地雷、水雷和騎軍用的手槍。同時還要新建一個車輛廠，準備生產各種軍用民用車輛。

這些事情一一處理完之後，商毅這才鬆了一口氣，而時間也到了五月底。

就在六月一日這一天，商毅收到了登州的周少桓發回杭州的訊息，原來李自成敗亡逃離北京之後，各地原以歸順李自成的明朝官員都紛紛反正，山東德州鄉紳原御史趙繼鼎、主事程先貞、大學士謝升之弟生員謝陛等人發動起事，推舉明宗室慶藩奉國中尉朱帥為盟主，假稱濟王，號召遠近。山東和北直隸的許多地方官紳群起響應，不到一個月的時間就佔領了山東、河北的數十個州縣，一時也是聲勢浩大。並且也派人到登州來招周少桓入夥。同時一些地方勢力也紛紛聚眾起事，割據一地，搶奪城池。如靈山衛的張大雅、張千出、韓繼本，高密縣的單之賞、張宇等。

而清軍攻在北京之後，一面追擊大順軍，一面也先後派前明降臣方大猷、王鰲永為使，招撫山東地區，但都沒有結果，也在計劃出兵進攻山東之地。

因此周少桓在信中建議，現在沒有必要只守在登州府一地，可以趁著山東地區混亂局面，先出兵佔領萊州和青州，以商家軍在這一帶的基礎，應該不會有什麼困難。