顯然，德川幕府的統治階級比中國人更信仰儒家學說，明朝還能容忍天主教建立教堂在少數城市發展。這個年代的日本人卻是為捍衛儒家的秩序，偏激的全盤否定西方思想。

其實，禁絕天主教，是絕大多數日本統治者的心聲，日本歷任統治者中，也只有“織田信長”一位是信仰天主教的。

織田信長死後，日本民間傳說，將織田信長描繪成魔王降世，由此便可見日本傳統勢力，並不接受天主教思想的。

禁絕天主教運動，是從豐成秀吉時代開始。1582年6月，當時的日本統治者豐臣秀吉頒佈的《傳教士驅逐令》：“一、日本乃神國，決不允許天主教國來傳邪教！二、傳教士為使庶民信教，打壞神社佛閣，乃前所未聞！領主獻日本國土於教會，乃法度不許！三、自今日起20　天內，傳教士立即回國！四、商賣貿易船隊不在此列。五、不妨礙佛法者可自由進入日本。”

這一道政策，是日本閉關鎖國政策的序幕……

豐臣秀吉政府的《傳教士驅逐令》頒佈後，先是驅逐了葡萄牙耶穌會在日本的傳教士，接著在1596又沒收西班牙船“聖菲利浦號”和其中貨物，並派人驅逐西班牙人。而西班牙人試圖透過誇耀西班牙人遍佈世界的龐大殖民領土，來恐嚇日本人，不要得罪西班牙帝國。

顯然，西班牙人在世界地圖上，佔據的龐大土地面積，惹起了日本人的好奇。一直以來，日本僅知道中國這個龐然大物，而此時西方的西班牙，居然憑著比日本大不了多少的本土，在美洲和東南亞等地，圈佔了不下於大明帝國面積的領土。

因為驚訝於西班牙人疆域遼闊，豐成秀吉的使者增田西班牙人問：“西班牙為何能將領土擴大到世界各地？”

西班牙人桑達得意洋洋炫耀說道：“我國先派傳教士到彼國傳教，等教徒擴大到相當數量，再派軍隊前往，與教徒裡應外合，奪其國不過舉手之勞！”

這名船員無意炫耀西班牙人的殖民手段，使得豐成秀吉聽聞後勃然大怒，更堅定了其禁止天主教傳播的念頭，因為——任由天主教不斷傳播，日本甚至有可能成為西班牙人的殖民地！

豐成秀吉死後，德川幕府第一任將軍德川家康嚴禁家臣武士中信教者，凡事信教者視為叛逆。

第二代將軍德川秀忠，為顯示對於禁止天主教的決心，1612　年處死信教大名有馬晴信。1614　年將信教大名高山右近放逐馬尼拉，強迫教徒放棄宗教信仰。1622　年在長崎公開處決55　名傳教士和信徒，史稱“元和大殉教”。

而第三代幕府將軍德川家光上臺後，也同樣禁絕天主教。並於1633　年起，也就是大明崇禎六年，連續釋出鎖國令，禁止傳播天主教，禁止日本的人、船出洋與回國，禁止收留外國人子女，鼓勵檢舉告發教徒等，這些鎖國令統稱為“寬永鎖國令”。

而自從幕府三代將軍，不斷的宣佈禁教令，各地的大名份，紛紛用實際行動，來表明自己的禁教決心，於是全日本陸續焚燒、砸毀境記憶體在的數千計的教堂，成千上萬的天主教徒，遭到囚禁、苦役。

尤其是長崎附近的島原藩、天草藩更是號稱全藩信教，儼然是上帝之國一般。就連前任藩主豐成秀吉的舊部小西行長，也洗禮成為教徒。豐成秀吉死後，小西行長也被德川幕府處死，大量效忠小西行長的武士們失業，成為流浪武士。這批流浪武士，也與加入天主教派，意欲利用天主教徒的力量，為其君主復仇。

德川幕府派出松倉重政成為了島遠藩主後，最初對於領地天主教徒還算客氣，但是德川家光聽聞其對於天主教傳教士私下活動串聯居然不作為將之訓斥。

之後，島原藩主松倉重政立即改變原本的政策，開始加倍施行禁教令，為強制領民放棄信仰，動