入南京政府的管轄區內。錢謙益立刻找到守軍，表明了自巳的身份。而光州守軍，也立刻向南京報告了此事。

商毅接到報告之後，也頗為感慨。在另一時空裡的錢謙益是個思想和性格都比較複雜的人。甴其是在晚年的時候，完全處於進退維谷、反覆無常的尷尬狀態，結果既為明朝遺民所斥責，又為清朝皇帝所憎厭。據一些史料記載，在降清之後，錢謙益確實在暗中與西南和東南海上反清復明勢力聯絡，並資助過他們抗清的經費，而且在他臨死前還呼喊著：“當初不死在乙酉日（弘光朝廷滅亡的時候），這不是太晚了嗎？”。

其實錢謙益可以說是這個時代文人的一個典型代表，在他身上，反映了明清之際一些文士人生態度的矛盾糾結。他們都自視很高，但在國難之際，卻拿不出有效的應對方法；以維護傳統道德為己任，但又不乏晚明文人縱情放誕的習氣；平素都是以清流面貌自居，道貌岸然，但卻因為熱衷於功名，不僅助長了南明的黨爭，而且還使自已屢次陷入各種政治漩渦；雖然也知道氣節道義，但到了生死關頭，卻又沒有殺身成仁、捨生取義的勇氣，只能留下降清失節的汙名；而在降清之後，由於不得志，和傳統道德觀念，於是又想反正南歸，力圖重建自己的人生價值。

當然在本時空裡，錢謙益反正南歸，還是得到不少人的支援，因為不管錢謙益的人品如何，但學問淵博，甴其是在文學上的成就，在明清交際的時代，確實是首屈一指，其詩作文辭十分優美，應該說已經達到了時代的頂峰。在錢謙益表示了南歸的意向之後，黃宗羲、方以智、陳慧貞、冒避疆等人都表示歡迎，不僅是出於舊友之誼，同時也確實是可惜錢謙益的才學。

因此在得到錢謙益己經南歸的確切訊息之後；也有不少人向商毅進言；勸他接納錢謙益，除了南京的一些原明官員之外，還有鄭成功也給商毅寫信，幫錢謙益說好話，因為錢謙益還曾是鄭成功的老師。

其實商毅對錢謙益反正南歸之舉，也是非常歡迎，因為這是宣戰詔書釋出之後，第一個作出響應的原明官員，這個意義相當重要。而且錢謙益並不是一個普通人，在南方，乃致全國都據有相當的影響力，另外商毅建立的是一個新朝，在這一點上來說，錢謙益背明降清，現在又反清南歸，並不是不能接受的。當然商毅仍然還是那個大前捉，回到南京來，別給自已搗亂，當然這個任務還是交給陳圓圓去完成。

因此南京內閣和參政院先後發表宣告，對錢謙益南歸表示了歡迎，同時商毅也讓黃宗羲和史可法去迎接錢謙益到南京來，並且又親自在王府接見錢謙益，而陳圓圓也私下邀請柳如是入宮述舊。

當然商毅對錢謙益的降清行為並沒有迴避，直接指出，降清行為將是錢謙益一生的汙點，但也表示，過去的事情雖然無法改變了，但也希望錢謙益能夠在南京代罪立功，以後多做一些於國於民有益的事情，彌補自己的過失。雖然被商毅說得又羞又愧，甚致是痛哭流涕，但錢謙益也十分感激，向商毅稱謝不已。

隨後內閣又下文，任命錢謙益為南京文史館撰修，付責整理古籍資料，併兼任師範大學教授。雖然在宣戰招書中，商毅表示對反正官員授予官職，但肯定不會是重要職位，動員清廷漢官反正，目地是瓦解清廷，而不是真得要重用這些人，其像徵意義更大於實際意義，但畢竟屬於政治上有汙點的人，不可能出任要職，別說是內閣、各部，就是參政院也不會錄用，只能出任閒職。如錢謙益這樣學問淵博的人，正好可以幹一些文化方面的事情，政治就別在參和了。

不過經歷了這一番大起大落大反覆之後，錢謙益也看開了，這次南歸也只是求一個心安，並沒有什麼追求功名的想法，幹文化方面的事情，教書育人，也正合錢謙益的心意。因此也十分愉快接受了這一任命。