燒，十餘年來經營的大建築變成瓦礫，然後逐戶搜查，凡被認為容貌像軍人，一律捆綁。下午約十萬名難民和被解除武裝的中國軍人在燕子磯，被日寇圍在沙灘上，用數十挺機槍持續掃射了半個多小時，屍體蔽江，慘不忍睹，至少有五萬人被當場殺害。十四日谷壽夫師團的野村聯隊將被捆住雙手的六千名戰俘，押至在漢中門外西蘆柴廠附近，並排架起數十挺機槍　向俘虜掃去，直至俘虜全部倒下。為避免俘虜中有人裝死躺下，或僅受傷未曾畢命的俘虜繼續存活下來，又將事先準備好的汽油噴灑在俘虜的屍體堆上，放起大火焚燒，致使屍體的灰燼滿天飄揚，屍體的焦臭味隨風擴散佈滿整個南京城。第六師團的渡邊聯隊，聯隊長渡邊為了訓練屬下士兵的殺人技能，將俘虜押至下關江邊排列整齊，讓屬下計程車兵將俘虜一排排地砍死，當殺到兩千多人後，嫌這樣地殺法速度太慢，又改用機槍掃射。寬闊的江面上飄滿了中國軍人的屍體，鮮血染紅了滾滾東流的江水。十四日晚，各聯隊聯隊長在會議上接受了松井石根“不必以俘虜政策對待之”的訓示以後，各師團旅團聯隊掀起了殺人高潮，十五日，九千餘人被日軍押往魚雷營集體屠殺，第十六師團將被俘的中國軍人，其中也有老百姓捆住手腳，八千餘人排在馬路上，然後開動坦克，戰車，向俘虜一排排地軋去，俘虜的血肉之軀*縱鋼鐵的魔鬼碾為肉泥。十六日，日軍臣在下關、煤炭港，中山碼頭、鼓樓、四條巷、紫金山，集體屠殺達數萬人，十七日，日軍在下關上元門集體屠殺三千餘人，十八日，日軍將五萬七千四百餘人押至下關草鞋峽，先用機槍掃射，複用刺刀亂戳，最後澆上煤油縱火焚燒。燒完後，骸骨悉數投入江中。

東京《日日新聞》記者鈴木二郎寫道：“我隨同攻陷南京的日軍一道進城在城內呆了四天，目擊日軍暴行，從光華門北上，走向中山東路，在光華門馬路兩邊看到接連不斷的散兵壕，都填滿了燒得焦爛的屍體，馬路中間橫倒的許多木樁子下邊壓著的都是屍體，四肢斷裂飛散，不啻是一幅地獄圖畫。我看到戰車豪不留情地在屍體上碾過，聽到車底履帶碾轉過去的聲音，聞到屍臭和硝煙氣味，感到簡直是墮入了刀山、油鍋、血汙池的十八層地獄，當時產生一種錯覺，認為自己就是地獄裡面面目猙獰的獄卒。十二月十三日，在中華門附近的城牆見到極其恐怖的大屠殺。俘虜們在二十五公尺寬的城牆上排成一列，許多日本兵端著插上刺刀的步槍齊聲大吼，向俘虜們的前胸和腹部刺去。俘虜們一個接著一個被刺落到城外去了只見飛濺的血雨，噴向半空，陰森的氣氛令人寒毛直豎，渾身戰慄。我站在那裡嚇得目瞪口呆，不知所措。可是在那殘暴的場面中，卻出現了一個難以理解的現象。令人永難忘記的人就是俘虜們在被刺殺時的態度和表情，他們站在死神面前，有人臉上浮現著微笑，有人若無其事地大笑，等待著死亡。第六師團中有一箇中隊長名田中軍吉，在南京西南郊，用一把名叫“助廣”的軍刀，砍殺俘虜及平民百姓三百餘人，並拍下揮刀殺人的照片，以顯示自己的武威，後來此照片被日本軍官山中峰太郎收編到《皇兵》書中，並在照片旁題寫“曾殺三百之隊長愛