想法了。朱棣終於放心了，從此再也不究問建文帝蹤跡了。

當時許多人也認為建文帝沒有燒死，而是逃到了其他地方。據說，朱棣大軍破城的那天，朱允炆正要自殺，被翰林院編修程濟攔住，程濟說與其自殺，不如逃走，這時少監王鉞拿出一個篋子，說是朱元璋臨終時留下，如臨大難就開啟它。建文帝見到祖父留下的東西，悲鳴不已，連忙讓人焚燒宮殿，皇后心甘情願地跳入火中替皇帝去死。鐵篋開啟後，裡面是三張度牒，分別寫著三個名字：應文、應能、應賢。篋內袈裟、帽、鞋、剃刀，應有盡有，還有10錠白金。“應文”便指未允炆了，在場的還有吳王府教授楊應能、監察御史葉希賢，便是“應能、應賢”了。篋內還用紅顏色寫著兩行字：“應文從鬼門出，餘從水關御溝而行。薄暮，會於神樂觀之。”建文帝等人剃了發，穿了袈裟，假扮和尚，從密道逃出皇宮。從此以後，建文帝一行人過上了流亡苦旅，雲遊到雲南、湖北、四川、廣東、貴州、浙江，終無訊息。

明成祖的一個重要舉措是遷都北京。即位之初，他重建了被燒燬的奉天殿，但在這座宮殿裡，朱棣並不自在，朱元璋和朱允炆的魂魄以及眾多怨魂似乎一直在大殿內環繞，讓朱棣寢食不安，他覺得死後也無臉見葬在南京孝陵的朱元璋。不過讓他欣慰的是朱元璋晚年就有遷都的想法，所以遷都北京從他一登基時就開始考慮了。

因為朱元璋晚年時突然發現南京皇宮北面地基下沉不少，整個皇宮的地勢變成了南高北低的狀況。這在封建年代，是一種很不吉利的風水，會不利於後代傳承，甚至會絕後。朱元璋此時回想起當年選擇宮址的時候，搞了一系列裝神弄鬼的活動，並命劉基占卜適合之地。劉基花了六年時間在南京到處檢視，可最終占卜的“新宮”，竟在一片低窪的湖水中，且偏於整個城垣的東部。而中國古代皇宮擇址的傳統都應該是方正規則，居於城中心，且更不應擇低窪之地了。因此，劉基為朱元璋所卜的“新宮”宮址，至今另人費解。據說這裡是鐘山龍脈的“龍頭”，風水極佳。為了填湖造宮，工匠們在湖底鋪墊巨石和打樁，然後用石灰、三合土分層夯實。經過一系列艱鉅的填湖工程，地基問題才算基本解決。最殘忍的是朱元璋為了圖得吉利，竟將當地一個名叫田德滿的老漢投入湖中，取其名字的諧音作為“填得滿”的吉兆。

可是“填得滿”沒有帶來吉兆，反是報應。對於洪武末年皇宮下沉的狀況，朱元璋無奈的說，他本想找個合適的地方再遷都，可是已經年老體衰，已經辦不到了。這座花費了無數錢財和人力修建的南京皇宮，朱元璋僅享用了六年。洪武三十一年（1398年）五月，朱元璋在南京乾清宮內死去，這位大明開國皇帝最終也沒找到最滿意的都城。

再加上永樂年間，隨著元朝殘餘勢力退至漠北，長江岸邊的金陵，就顯得離重要的北部邊陲過於遙遠了。為此，1403年，禮部尚書建議，把北平改為北京，遷都北京。明成祖認為，天子居北，正是居重御輕，可以加強北部邊防，就採納了這個建議。但是，他深知，遷都是一件關乎國家興亡的頭等大事，必須審慎行事。

他沒有輕舉妄動，而是在充分論證的基礎上，分階段、有步驟地進行。他首先正名，有意提高北京的政治地位。下令改北平為北京，升為陪都，稱作行在。同時，改北平府為順天府，並千方百計地提升北京的經濟地位。他知道，北京雖然地理位置極端重要，而且是元朝的