為袁世凱重要幫手，之中就有北洋三傑，北洋之龍王士珍、北洋之虎段祺瑞、北洋之豹馮國璋。

武昌起義爆發以後，晚清政府震動，就命令江北提督段祺瑞，由海道北上前往湖北參與戰爭，當時段祺瑞已經是第二軍總統官，也就是軍長，直接由欽差大臣袁世凱指揮，不久後袁世凱命令段祺瑞急赴山西，兼任第一軍總統官，並署理湖廣總督一職，官位正二品。

在袁世凱密謀竊國時期，段祺瑞聯名四十六名北洋集團高階將領，促使清廷退位，但袁世凱、徐世昌、馮國璋、王士珍等人卻假惺惺致電段祺瑞，請其勸告各將領切勿輕舉妄動。

不久又在袁世凱的密謀下，率第一、第二兩軍入京，直接作出進京逼宮的姿態，最後晚清政府下詔清帝退位，段祺瑞製造了第一次共和。

但事後，段祺瑞拒絕移交第一軍，最後袁世凱只能命令他調防山西，全權主持第一、第二兩軍防務。

袁世凱就職大總統竊國成功以後，段祺瑞就被任命署理陸軍部總長，有訓練、調遣軍隊和提拔軍官的軍事權力，但只聽命於袁世凱一人的段祺瑞，卻在後來的時間裡，積極參與打擊、暗殺革命黨人的秘密活動，使袁世凱殺害武昌首義元勳張振武的陰謀實現，雖然事後參議院對段祺瑞提出彈劾，但袁世凱卻給段祺瑞授陸軍上將軍銜。

在列強向袁世凱提出二十一條的時期，段祺瑞、馮國璋領銜十九省將軍致電北洋政府表示反對，隨後在袁世凱召開商討會議的時候，段祺瑞主張十分強硬，這是他與袁世凱決裂的開始。

在段祺瑞獨持異議之下，他悄悄動員起軍隊，採取強硬態度，使得袁世凱決定屈從，事後段祺瑞稱病下野，不久袁世凱準備稱帝，段祺瑞又站出來表示對袁世凱帝制行為表示不滿，這次袁世凱正式下令免去段祺瑞陸軍總長職務。

袁世凱在即位洪憲帝時，被遠東軍團刺殺擊斃！

北洋軍閥混亂，不少北洋軍閥邀請段祺瑞復出，不久以後段祺瑞任參謀總長，兼陸軍總長，恢復共和制度，由黎元洪繼任大總統與段祺瑞一文一武，可是沒過多久，兩人就出現了府院之爭。

段祺瑞通電全國，表示反對恢復民元約法，仍以民三約法為行政標準，再由段祺瑞組織責任內閣，至此皖系勢力逐漸形成，段祺瑞為國務總理兼陸軍總長，掌握了北京政府的全部實權，但是在段棋瑞的獨斷專行下演變成了府院之爭。

段祺瑞與黎元洪鬧翻，徐世昌入京介入調和，但最後黎元洪被免，不久外國列強紛紛向段祺瑞發出邀請，段祺瑞最後堅持加入協約國，但黎元洪表示強烈反對，因此問題府院發生激烈衝突，段祺瑞操縱的三個軍團脅迫黎元洪勢力，最後導致自己下野。

至直皖衝突全面爆發以後，遠東軍團三路大軍挺進，全面包圍三股軍閥勢力。

段祺瑞是一個信佛吃素的人，為人屬於嚴肅刻板，不苟言笑，但十分生活樸素，清廉如水，無積蓄無房產，同時不抽、不喝、不嫖、不賭、不貪、不佔，因此被稱為“六不總理”。

但段祺瑞喜用自己的人，屬於剛愎自用一類，在軍事上並沒有出色戰功和理論知識，卻具有非凡的組織才能，善於利用政治手腕和軍事手腕維護自己的統治和權力，但因為軍閥習氣，傾心權術，迷信武力統治。

與其他的北洋軍閥巨頭相比，他的清廉如水，不愛斂財值得欽佩，雖然也討了幾房姨太太，但與其他軍閥欺男霸女、強取豪奪有一定區別。

段祺瑞一生都沒有自己的不動產，這在北洋軍閥政客之中是絕無僅有的。

隨著徐世昌、黎元洪兩部向遠東軍團繳械投降，段祺瑞此時內心也十分糾結，因為是遠東軍團擊斃了袁世凱，這一巨大鴻溝似乎成了段祺瑞與遠東軍團之間，永遠無法彌補的裂痕。