朱棣即位前，首先做的就是脅迫翰林院侍講方孝孺起草詔書。

方孝孺卻說：〃死即死耳，詔不可書。〃朱棣厲聲喝問：〃你難道不怕我滅你九族？〃方孝孺說：〃便誅十族奈何！〃言罷拾筆疾書幾字，朱棣一看竟是〃燕賊篡位〃四字，頓現殘暴本性。

也忘記了謀士姚廣孝曾在北平時對他講過的話，方孝孺乃是天下“讀書人的種子”，絕不可殺。他命衛士用大刀把方孝孺嘴唇割開，一直劃裂到耳邊。依然脅迫他：寫不寫詔書？方孝孺至死不從，惱羞成怒的朱棣下令把方孝孺之外祖父、外祖母、姨表兄弟、岳父、岳母、姑表兄弟、外甥、外孫、本族以及學生的家族，總計十族搜捕入獄，每捕一人便帶給方孝孺看，最後捕到873人，全部當著方孝孺的面殺死。方孝孺亦被凌遲處死，時年四十六歲。

十族中被謫戍邊的尚不知有多少。孝孺臨刑前做絕命詩，曰：“天降亂離兮孰知其尤，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求。嗚呼哀哉，庶不我尤！”

兵部尚書鐵鉉，被帶進皇宮時背對朱棣面向青天，朱棣令其回頭，鐵鉉不睬，被割掉耳鼻，又割其肉，將肉燒過以後塞入鐵鉉口，朱棣連問〃甘否？〃鐵鉉答：〃忠臣孝子之肉有何不甘？〃最後被磔而死。

戶部侍郎卓敬，曾給建文帝上過密疏，說燕王佔據北平，不能輕視，應封於南昌，易於控制。捕後朱棣問卓敬為何離間朱氏骨肉情誼，卓敬答說：〃若先帝聽我勸告，你還有今天嗎？〃朱棣怒，斬其首，滅其三族。

禮部尚書陳迪，城陷時在外督運軍糧，返回京師被捕，朱棣即位之日他大罵朱棣篡位竊國，結果，其子鳳山、丹山等6人被捉來處以磔刑，劊子手將鳳山的鼻舌割下強塞給陳迪吃，陳迪唾向兇手，罵得更厲害，終被凌遲處死，宗親780人被謫戍邊。

刑部尚書暴昭不屈，朱棣先去其齒，次斷手足，暴昭罵聲猶不絕，至斷頸乃死。左僉都御史景清，因被文帝任為北平參議，調查過燕王動靜，謀刺朱棣未果，被抉其齒，然而他且抉且罵，含血噴了朱棣一身，朱棣令剝其皮，碎磔其骨肉於長安門外。右副都御使練子寧，逮後對朱棣語不遜，被朱棣斷其舌，磔死。宗族棄市者151人，九族之親被抄滅戍遠方者又數百人。

右副都御使茅大方，曾寫詩給朱棣的姐夫梅殷表示了和朱棣抗爭到底的決心，朱棣即位後捕茅大方至南京，連同茅子順童、道秦、文生同時處死。

大理寺卿相胡閏，穿著孝衣哭著去見朱棣，以示對文帝的懷念。朱棣令換衣，死活不肯，朱棣令力士以鐵瓜打落其齒，又將他縊殺，還用灰蠡水浸泡其屍，剝下皮，掛在武動坊。

監察御使高翔，著孝服見朱棣，朱棣怒殺之，籍滅其家產，同族處死，親戚戍邊，對租賃高翔家田產的人，還格外加稅，讓租佃戶世代痛罵高翔。

朱棣姐夫殷梅為淮安總兵，朱棣率軍南下，以進香為名要透過殷梅防地，殷梅回絕說：〃進香，皇考有禁，不遵者為不孝。〃朱棣怒，回信說：〃今興兵誅君側惡，天命有歸，非人所能阻。〃殷梅將使者耳鼻割掉放還，捎話說：〃留下爾口為燕王講君臣大義。〃朱棣繞道打下南京，強迫其姐寧國公主寫血書召殷梅還京，後礙於皇親，不便親自下手，乃託人行刺。

1405年10月一天早晨，梅殷入朝，前軍都督僉事潭深、錦衣衛指揮趙曦，把殷梅擠至笪橋下淹死，隨後報告說殷梅投水自殺。寧國公主找朱棣要人，朱棣假意要捉兇手，並讓其二子做官以示安撫。後知內情的都督同知許成揭發譚深、趙曦之罪，朱棣不得已而治譚、趙之罪。這倆人說：〃此上命也，奈何殺臣？〃朱棣為滅口，令力士以金？打掉兩人牙齒，並斬首示眾，然後斷二人手足，剖其腸祭殷梅。