決裂。

上官明聽到了吳源的所作所為以後，倒是十分看得起吳源的殺伐果斷，提拔他做遊擊將軍，手下帶兵500人，跟著上官明四處清剿民兵，打勝了以後，休息兩個月，總督楊鶴被抓了，上官明被提升為三邊總督，吳源開始跟著他大展拳腳，但是打了沒還沒有一個月，出事了，好事，三個起義軍的大頭目中最NB的王嘉胤死了，被自己部下殺死的，而逼他部下殺他的人，叫做曹文昭（略微提及即可）。

此時三個大頭目中只剩下神一魁，但是神一魁已經掛了，手下就四個掌權的人，紅軍友，李都師，杜三，楊老柴，敵人有五萬，上官明還調來了王承恩和賀虎臣等人，打了兩場，民兵打不過了，開始逃，吳源也跟著帶兵追擊，結果和大部隊分散了，遇到了敵人頭目裡杜三和他的部隊，既然碰上了，就要咬下敵人一塊肉下來，杜三也看不起吳源手下的那點人，覺得被五百人這麼追殺很丟人，叫手下王田帶兩千人停下來阻擊吳源，結果吳源詐敗，設定了一個伏擊點，打敗敵軍，斬首不計其數，王田也被活捉。（這場戰鬥中俘虜徐光，因為葉宇說此人比較特別，就帶過來見吳源，吳源看過後出了一道題，徐光卻輕易答出，被吳源收到帳下，因為他是心學學派的人，而吳源做的很多事情也正好符合心學的理念，漸漸完全忠誠於吳源）

後來到了西濠，展開西濠決戰，吳源剩下兩百跟著曹文昭攻進敵陣，亂砍亂殺，將民兵陣腳衝爛，官兵發動總攻，民兵隊伍損失近萬人，首領被抓兩個，後來曹文昭有帶著自己剩下的部隊去收拾剩下的民兵，吳源也跟著，後來在南原伏擊曹文昭，但是效果不佳，此時吳源的部隊算是比較有經驗的了，沒有因為中了埋伏就慌亂，最後大敗敵軍，殘餘民兵繼續逃，吳源因為部隊傷兵過多而回去，曹文昭繼續追擊。

回去途中，遇到一夥官兵搶劫一個地主家，吳源帶兵上去交涉，交涉無果，雙方大打出手，雖然最後吳源贏了，但是卻得罪了對方的頭目——上官明親兵副將上官齊，（之後南宮縱橫率舉族加入吳源，並且給吳源帶去了大量的金錢田地），回到上官明軍隊大營，吳源開始休息，並且沒事就給上官明提提意見，但是由於吳源的意見太過於前衛（至少當時是這樣），加上上官齊及其黨羽不斷找麻煩，上官明開始討厭這個話多的手下。（此期間吳源已經開始培養自己的勢力，並且在陝西和山西開辦手工工廠，並且用賺來的錢從外地購買糧食低價賣給當地平民，名望大漲）

雖然三個大頭目死光了，但是他們的殘部依然在繼續戰鬥，但是鑑於陝西甘肅打得太狠，他們跑到了山西，（吳源相當一部分產業在山西，聽到這個訊息立刻請願要求帶兵清剿，但是上官明沒有批准）那些殘部決定團結起來，號召者叫王自用，集結了三十六支軍隊，什麼高迎祥，張獻忠，李自成等後期NB的傢伙都來了，山西巡撫是個垃圾，沒事排兵佈陣，指揮亂七八糟，結果民兵攻克多地，崇禎把他撤了，換曹文昭上場，同時出場的還有左良玉，曹文昭因為知道吳源有點本事，就想上官明要人，吳源才順理成章地帶人到山西，此時他的部隊已經換了一批新兵，加上老兵有七百餘人，而且統一裝備鎖鏈甲，實力大增。

這一仗左良玉兩勝一敗，不過那一敗有點慘，全軍覆沒，自己也是帶了幾個人才跑回來。曹文昭則帶兵進攻民兵，手下加上吳源的部隊也才四千人不到，遇到第一個敵人，上天龍，上天龍有上萬人，但是不經打，一打就垮，第二個敵人叫混世王，部隊是曹文昭的六倍，一番激戰，（基本上一遍倒，看著嚇人，但是官兵死傷並不大，接下來幾個月，基本上搞定了山西的叛亂，最後碰到一個手下有二十萬人的紫金梁，雙方鬥智鬥勇，一個月有，紫金梁少了三分之一的部隊，最後被逼分兵，吳源有幸分到最弱的一個叫做老回回的傢伙，其餘兩個人曹文