在過去，他和龐培之間除了政治盟友的關係之外，的確有過真摯的友情。即使他倆成了競爭對手，凱撒也沒有想過要殺掉龐培，他只是想要讓自己的成就和功業超過對方，讓這位羅馬最偉大的將軍承認自己比他強，而現在龐培卻被人殺死了，這讓他很不滿意！

但不管怎樣，埃及人殺死龐培，說明他們希望取悅凱撒。

於是凱撒乾脆率領跟隨他前來的約四千名士兵登陸了亞力山大港，並且佔據了王宮區的一座宮殿，安頓下來。

凱撒在此之前從未到達過埃及，當他發現他的執法吏和士兵們按照慣例耀武揚威的為其開道進入亞歷山大城區而引起埃及民眾敵意的時候，後悔已經晚了。

隨後的幾天，羅馬人在城內遭到埃及民眾嘲諷和辱罵，甚至有落單計程車兵遭到暴徒的攻擊和殺害。

凱撒為此感到憤怒，他認為是托勒密十三世在暗中挑唆，於是宣佈要追繳托勒密十二世曾經對羅馬所欠下的鉅款。

他同時還宣佈：既然是他和龐培幫助托勒密十二世獲得了羅馬共和國的承認，那麼他現在要仲裁埃及的王位繼承糾紛。

凱撒打著如意算盤：既可以獲得大筆錢財，來養活成千上萬向他投降的龐培士兵；又可以敲打托勒密十三世，使其臣服，從而將富庶的埃及納入他的掌控之中。

擔任托勒密十三世輔政大臣的宦官波提紐斯沒有公開表示反對，卻在暗地裡傳喚同樣是顧命大臣的阿基拉斯率軍入城。

阿基拉斯率領的軍隊足有二萬人，很快就將凱撒圍困在宮殿內。

儘管凱撒帶領士兵們多次打退阿基拉斯的進攻，但敵視他們的城內民眾也在蠢蠢欲動，凱撒已經派信使去召喚援軍，但援軍要過一段時間才能到達，現在他及其手下都處於非常危險的境地，隨時可能兵敗身死。

就在這個時候，托勒密十三世的姐姐、曾經與其共治埃及、後被顧命大臣們驅逐的克里奧帕特拉潛入了宮殿，出現在凱撒的面前。

克利奧帕特拉已經瞭解清楚凱撒是個風流多情的人，因此特地精心打扮了一番。

克里奧帕特拉雖然長得並不十分美豔（她有一個過於突出的鷹鉤鼻），但她聰慧、年輕、機智、活潑，在凱撒的眼中很有魅力，就如同年輕時的塞維莉亞一樣，很快就被其吸引，將其納為情人。

然後，他就向托勒密十三世宣佈：其父親的遺囑很明確，他應該和他的姐姐克利奧帕特拉共同執政。

托勒密十三世意識到他的姐姐和凱撒已經勾結在了一起，狠下心來，煽動城內民眾發起暴亂，甚至企圖派人刺殺凱撒。

凱撒以牙還牙，抓捕了托勒密十三世的輔政大臣、陰謀的執行者波提紐斯，並將其處決，以震懾這位年輕的法老。

在凱撒控制下的托勒密十三世感到生命受到威脅，暗中唆使城外埃及軍隊加緊進攻。

在屢次攻打凱撒軍隊守衛的宮殿都遭遇失敗的情況下，埃及軍隊轉而想要奪取被羅馬人佔據的港口，從而徹底的切斷凱撒與外界的聯絡。

在海戰中凱撒的戰船都佔據了上風，但是在他親自發起的一場攻佔法羅斯島（法羅斯燈塔所在地）的陸戰中卻遭遇了慘敗。

在危機時刻，凱撒跳入海中得以逃生，但這並不影響他的鬥志，他繼續率軍多次擊退敵人的進攻。

戰鬥持續到第二年的一月（公元前四七年，尼克斯部落建立第二十五年）亞歷山大港民眾派了一個代表團，懇求凱撒將托勒密十三世釋放。

凱撒同意了，但督促年輕法老要儘快停止戰爭，同時要牢記對凱撒和羅馬應有的忠誠。

年輕法老流著熱淚，點頭答應。

但當他離開羅馬人控制的區域、與如今統率埃及軍隊的妹妹阿爾西諾伊