信長親自上陣，這時候本能寺已經炮火通天，到處都是大火包圍，東瀛戰國時代是最早用上火炮的。信長率小姓眾奮戰，但始終是寡不敵眾。

信長眾人邊戰邊退，御馬屋附近馬郎、藤八、巖、新六、彥一、彌六、熊、小駒若、虎若等二十四人戰死。

再退到御殿內的時候，森亂、森力、森坊兄弟三人、小河愛平、高橋虎松、金森義入、菅屋角藏、魚住勝七、武田喜太郎、森蘭丸等剩餘小姓均戰死。

不遠的妙覺寺的織田信忠率本隊1500人想前往救援其父，被明智治左衛門阻擊，於京都二條城內自殺。

織田信長見大勢已去，退入內室。不久以後，內室燃起熊熊的火光，一代霸主就在烈火中切腹自盡，灰飛煙滅。

本能寺之變從深夜到六月二日凌晨，這短短兩三個小時改變了整個戰國的歷史。

明智光秀見織田信長已死，心中大喜，竟然真的成功了！但他沒有被眼前的勝利衝昏了頭腦，他立馬命令所有人馬立馬撤離京都，返回安土城，要佔領安土城。明智光秀害怕呀，害怕武神和藍天碧雲折回來。碰到他們，多少兵馬都是沒命的下場。

雖然除去了織田信長，但明智光秀心中還害怕一人對他勝利的成果產生威脅，那就是還在和毛利輝元對抗中的羽柴秀吉。明智光秀邊往安土城退去邊修書給支援高松城的毛利輝元，說織田信長已死，明智光秀願與他合作，千萬別放棄高松城。目的顯然易見，就是想毛利輝元牽制住羽柴秀吉，待他在安土與京都站穩勝利的腳跟。

分別被武神與藍天碧雲追殺中的戰神壬生京四郎與葉銀城同時看到京都本能寺方向火光通天，均哈哈哈大笑道：“成功了！信長已死，東瀛武道從今天開始就是我們的天下！”

武神與夢天如雲大驚，糟糕！調虎離山。知道戰神與葉銀城的目的，這個層次如果一味逃，自己也是沒辦法把他們擊殺的。夢天如雲與武神同時折返本能寺，看到現場灰飛煙滅、屍橫遍地，三人一臉鐵青！懊悔莫及。武神鬼眼狂刀對天怒吼：“到底是誰？我要他碎屍萬斷！！”武神震怒整個京都的聲音，嚇得逃往安土的明智光秀都心驚肉跳，冷汗直冒。