倭和巡緝等三個行署，同時指派海防同知和市舶提舉司進駐澳門，管束葡萄牙人的商業及陸上行為。

這三個行署的官員被統稱為守澳官，這是明朝在澳門正式確立的地方行政長官，他們除了主管澳門地區的治安、防務以外，還參與海關稅務和一些行政事務的管理。在發生一些重大事件時，他們有權力將澳門地區發生的相關情況直接報送至兩廣總督府，由兩廣總督這一層面的封疆大吏來直接處理澳門地區的政務。

在司法方面，明朝在澳門擁有司法主權。對涉及中葡居民之間的案件，不論民事亦或是刑事案件，一律交由明朝官員依照《大明律》進行審判，葡萄牙人不得干預。同時規定，普通案件由縣丞審理，而重大案件交由澳門同知進行審斷，葡萄牙人必須嚴格遵守明朝的法治管理。

而葡萄牙人設在澳門的總督主要是管理葡萄牙人的內部民事和商業事務。

在稅收方面，明朝則在澳門設立海關，負責商船抽稅事宜。海關將西洋船分為九等，按船大小進行抽稅。在大明統治期間，葡萄牙人一直老老實實地照章納稅，每年繳納的稅金至少都在兩萬兩白銀以上。

為什麼葡萄牙人在澳門如此老實，這正符合了一句西方諺語，叫做“打不過的就是朋友”。

澳門在明朝時做為租界和滿清時的租界不一樣，它不是葡萄人打敗大明後強行霸佔的，而是在他們想透過強行霸佔沒有得逞，被明朝打的滿地找牙後，透過賄賂明朝官員的方式，獲得了澳門的租賃權。

所以，澳門在租給葡萄牙人後的，葡萄牙人每年要向大明朝廷上繳500兩的租金，從未中斷過。

大明正德十二年，一艘葡萄牙戰艦出現在澳門，以進貢為藉口妄想賴著不走。結果船上的人和明朝守軍發生衝突，其首領被俘虜。葡萄牙戰艦丟下老大逃之夭夭。

嘉靖二年，葡萄牙五艘戰艦進犯廣東新會一帶，結果被明軍揍得滿頭包，丟下兩艘船倉皇逃走。此戰明軍繳獲了一種葡萄牙製造的使用子母銃的火炮，這便是後來大明軍隊大量仿製並進行裝備的“佛郎機炮”的原型。

葡萄牙本就是個歐洲的小國弱國，且此時歐洲尚未開始工業革命，東西方的裝備差距還沒有像後世那般懸殊。經過兩次武力對抗的失敗，葡萄牙人清醒了，徹底看清了其與大明這個龐然大物之間的巨大實力差距。

於是葡萄牙人便轉而尋求武力之外的其他辦法，來謀求澳門，以使自己獲得一塊在遠東方便與大明進行貿易的立腳點。

嘉靖十四年，廣東都指揮使司指揮使黃慶，收受了葡萄牙人的賄賂，使其取得了在澳門碼頭停靠船舶和進行貿易的權利。

嘉靖三十二年，葡萄牙人以曝曬水浸貨物為由上岸居住，而後便賴在澳門不走。透過賄賂廣東海道副使汪柏，獲得了在澳門的居住權。

之後以每年向大明繳納租金、商業稅費的方式獲得經商交易的許可，並正式開始在澳門定居。

到大明萬曆年間，澳門以葡萄牙人為主的外國移民已經有一萬多人，遠超當地人的數量。

葡萄牙人得寸進尺，甚至越過澳門的地界修建教堂，目的是為了永久佔據土地。曾發生過葡萄牙人夥同倭寇殺害明朝官軍的案件。葡萄牙人甚至還拐賣中國人到東南亞地區。

萬曆四十二年，兩廣總督張鳴岡大力整頓，對葡萄牙人違法事項公佈禁令，並強行拆除了越界修建的教堂。一支上千人的部隊駐紮在澳門對岸的雍陌營防地，並在雍陌營設立三品參將府，以震懾葡萄牙人的不法行為。

葡萄牙人沒敢反抗，對他們來說，最重要的是保住與大明貿易往來的利益。